[물리화학실험]GROMACS를 이용한 분자동역학 시뮬레이션

과연 나는 정각까지 이 레포트를 정리할 수 잇을거신가

이거 발표하신 분이 귀에 쏙쏙 들어오게 잘 하셔서

데려다가 대신 써주고 시험도 대신 봐달라하고싶네요

제발... 비라도 받고싶다

조교님 제발 B TO A PLUS PLEASE

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1. TITLE

GROMACS를 이용한  분자동역학 시뮬레이션

 

2. PURPOSE

 고전역학 기반 분자 동역학 시뮬레이터인 GROMACS를 이용하여 가상의 단백질 분자의 구조와 거동을 이해하고 관련 물리량들을 계산해 본다.

 

3. THEORY

 1) 분자 모델링(Molecular modeling)

 : 분자의 형상을 묘사하고 그와 관련된 물리량들을 도출하고 설명하는 데에 필요한 일련의 과정 및 방법을 말한다. 대표적으로 두 가지 방법이 있는데 하나는 이전 글에서 언급한 양자역학적 방법으로, Gaussian이 그 예이다. 다른 하나는 이번에 다룰 고전역학적 방법으로, 이번에는 소프트웨어 gromacs를 사용할 것이다.

 

 2) 고전역학 (Classical mechanics)

 : 뉴턴 방정식에 기초한 물리역학 결정론 분자 및 원자수준에서 이를 통한 모델링이 가능하다.( 뭐라는거야)

 

 3) 분자동역학 시뮬레이션 (MD simulation)

 :계의 정적, 동적인 안정 구조와 동적 과정(dynamics)를 해석하는 과정

 

 4) 뉴턴 방정식

 F=m(d^2r(t)/dt^2)=-▽V

(F=원자가 받는 힘, V=포텐셜, r=원자의 시간에 따른 위치)

이는 시간 t에 대한 미분방정식으로, 수학적으로 풀게 되면 각 시점에서의 위치인 r(t)를 알 수 있다.

 

4. APPARATUS & REAGENT

 GROMACS가 설치된 컴퓨터, VMD(Visual molecular dynamics)

 

5. PROCEDURE

 실험별 과정대신 주요 함수를 적을게요

pwd:현재 위치

nkdir:폴더 만들기

terminal: 

 

6. RESULT

 실험과정을 사진뽑아서 붙여내세용

 

7. DISCUSSION

 저는 제가 계산화학을 사용하며 느낀 점과 생각을 적었습니다. 

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와 생각보다 빨리 끝났구만

이렇게 기말분량을 다 끝냈지만

저는 이번학기에만 실험이 3개가 있기에

다른 실험도 적어야한다죠

내일부터는 일반화학 실험으로 돌아오겠어요

다들 화이팅!